循环水养殖的关键在于“水质”， 我国多数池塘养殖场普遍存在基础设施落后、池塘淤积严重等问题，与国际先进水平相比，我国在淡水工厂化循环水养殖设施技术领域已具有相当的应用水平，反映在系统的循环水率、生物净化稳定性、系统辅助水体的比率等关键性能方面基本接近了国际水准，但在海水循环水养殖设施技术领域还存在着相当的差距，主要反映在生物净化系统构建、净化效率和稳定性等方面。
循环水养殖是近年来水产养殖行业取得的一项新成果，与传统水产养殖方式相比较，循环水养殖系统对水质的要求则会更高，循环水养殖基础研究薄弱。循环水养殖仍简单沿用传统养殖技术以设备系统和高密度生态环境为前提的养殖工艺技术，没有形成指导特定品种进行高效养殖生产的专家系统，没有构建致使设备系统没能发挥最大功效，也是造成系统运行成本高的因素之一。
利用全自动过滤器处理时具有以下优势：运用循环水养殖相关技术和生态工程技术改造，传统的流水养殖鳗鱼、冷水性鱼类的养殖，目前主要是流水养殖方式换水率一般为每天8-12次，全自动过滤器高精度过滤,出水水质稳定。目前对虾养殖的主要方式是池塘和高位池，养殖过程中对水质的要求、藻相的稳定有一定的要求，高位虾池自净能力较弱，沉积物的排放对环境造成直接的影响，全自动过滤器具有对原水进行过滤并自动对滤网进行清洗排污，运用物理方法清除沉淀物，能有效保证水质不发生二次污染。
“循环水养殖”的核心就是水体循环利用，日均水利用率在95%以上，如低于此指标即为流水养殖。与传统养殖方式相比具有节水、节地、高密度集约化和排放可控的特点。海水生物净化系统的效率需要提高。需要研究高效的生物净化装置以减少净化设施的体量，稳定净化效果，需要在系统模型研究的基础上建立优化的设备系统、稳定的生物净化系统、必要的数字化监控系统、完善的养殖工艺和管理专家系统，使装备系统达到高效利用状态。淡水工厂化循环水养殖系统运行成本过高。在基本模型研究的基础上建立优化的设备系统、控制病原体侵害的水源净化设施、与生态设施相结合的生物净化系统、必要的数字化监控系统以及完善的养殖工艺和管理专家系统使装备系统达到节能、节水、经济运行的状态。