现阶段建造的船舶压载水排放大部分采用的是压载水置换法，即在船舶到达特定区域或深海后对船舶的压载水进行置换，它的原理是：生活在淡水、河口及绝大多数的浅海生物是不可能在深海的环境下生存的，反之亦然；其次被排入到深海中存活的生物被其它船舶再吸入的可能性也很小。压载水置换法分为：
1）逐一更换法又称排空法（empty/re-fill method）:是指将压载水从压载舱中用泵排放干净，并重新吸入洁净海水的方法。
该方法的优点是：能够比较彻底地对压载水进行有效置换，在三种置换方法中该方法是更换最彻底的一种，完成的压载水置换的时间较短。
该方法的缺点是：由于排放压载水能够改变船舶的吃水差以及船舶的稳性，同时对船舶的固有剪力和弯矩也会产生影响，因此它的每个压载水舱舱容不能太大，这势必要增加压载水舱的数量；它还需要仔细计划和监控，做好精确的计算，确保每一步都能够保证船舶整体和局部强度，稳性和吃水差维持在允许的范围内；并且需要考虑动态负荷影响，要考虑吃水差的变化是否会造成船上货物移位。
2）溢流法（flow-through method）:又称注入顶出法，是指从压载舱的底部泵入清洁海水，使原来的压载水通过溢流孔从顶部排出的方法。
该方法的优点是：由于不改变船舶的吃水差和稳性，对船舶的局部强度和总纵强度影响不大，同时也不会产生货物移位等不良后果；在使用该方法进行压载水置换时，不用进行周密的计算，也便于船员的操作；同时该方法在恶劣天气下也可进行操作；并且船舶的压载水管系也不用作大的修改。
该方法的缺点是；在使用溢流法置换时泵和管系的压力较大，很容易造成对管系的破坏；置换过程中压载舱压力增大同样也存在着危险，采用这种方法的船舶顶部要设计溢流的端口。基于溢流法的种种优点，该压载水置换方法是目前船舶应用最普及的一种压载水置换方法。
3）稀释法（dilution method）>是通过管路的设计，将清洁海水从压载舱顶部注入同时从底部排出的方法。稀释法因涉及船舶设备、管路的改进或添置，故仅在新船上设置使用。
采用压载水置换法进行压载水处理，对船舶营运期间船员的操作规范也有严格要求，一些国家和地区已经制定出了严格的船舶压载水管理规定：对靠泊其港口的船舶，要认真审查船上压载水的换水区域、置换水程度（量）及相关记录；船长和船员必须进行压载水管理计划培训，要深刻理解并严格执行船舶压载水管理计划各项规定。