由于船舶压载水处理技术在2004年还不能完全满足《国际船舶压载水和沉淀物控制与管理公约》，因此公约的生效时间采用明示接受程序，即公约将在合计商船总吨位不少于世界商船总吨位35％的至少30个国家签署并对批准、接受或核准无保留，或交存了必要的批准、接受、核准或加入文件12个月后生效。但为了在公约生效前对船舶的压载水进行有效控制和管理，在公约附则中的B-3条款中明确规定：
2009年前建造的船舶
. 压载水容量在[1 500和5 000] m3之间的，须在 [2009年] 的交船周年日时或之前进行满足或超过D-1或D-2规定标准的压载水管理，直至 [2014年]的交船周年日，此后，应满足或超过D-2规定的标准]。
. 压载水容量小于1 500m3或大于5 000 m3的，须在 [2009年] 的交船周年日时或之前进行满足或超过D-1或D-2规定标准的压载水管理[，直至[2016年]的交船周年日，此后，应满足或超过D-2规定的标准]。[1]
2009年后建造的船舶
.1 压载水容量小于5 000 m3的，须进行满足或超过D-2条规定标准的压载水管理。
.2 压载水容量大于5 000 m3 的，须在 [2011年]或之前进行满足或超过D-2规定标准的压载水管理。