水专项是建国以来投资最大的水污染治理科技项目，总经费概算三百多亿元。水专项是探索环保新道路的重大实践活动，必须按照代价小、效益好、排放低、可持续的要求，探索符合中国国情的自清洗过滤器水污染治理成套技术和管理模式。立足中国水污染控制和治理关键科技问题的解决与突破，遵循集中力量解决主要矛盾的原则，选择典型流域开展水污染控制与水环境保护的综合示范。
水专项要从国情出发，尽快突破关键核心技术和共性技术，收拢五指，以质胜量。水专项从理论创新、体制创新、机制创新和集成创新出发，要从实际出发，在环境科学上下功夫，以重大专项带动重大自清洗过滤器污水处理工程，实现整体治污水平的提高。要建立社会管理、行政管理、科学研究三位一体，地方为主、多部门合作的新机制。他强调，水专项实施管理工作要转变工作思路、完善管理体系。
要充分发挥环保、住建行业优势，按照一河一策、一湖一策的思路，将主题、项目、课题以及全国的优势科研力量向重点流域集结。要突出主题和流域矩阵式管理模式，在发挥好主题专家组作用的同时，大力强化流域专家组的作用。针对解决制约我国社会经济发展的重大水污染科技瓶颈问题，重点突破工业污染源控制与治理、农业面源污染控制与治理、城市污水过滤处理与资源化、水体水质净化与生态修复、饮用水安全保障以及水环境监控预警与管理等水污染控制与自清洗过滤器污水治理等关键技术和共性技术。
水专项不能简单作为一个科研项目，旨在为中国水体污染控制与治理提供强有力的科技支撑，发挥地方政府的责任主体作用，精心组织，合力推进，共同做好水专项。强化水专项对地方治污需求的科技支撑作用，把治污重点工程与水专项紧密结合，突出地方责权利的统一，才能实现流域水质改善的目标。